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Text File  |  1995-03-04  |  2.1 KB  |  47 lines
  1. ***************************************************
  2. * Gram-negative pili assembly chaperone signature *
  3. ***************************************************
  4.  
  5. Most  Gram-negative  bacteria  possess  on  their  surface,  a  supramolecular
  6. structure, the  pili,  that  mediates attachment to  specific  receptors.  The
  7. assembly  of  the  pili  requires  the  function  of  specialized  periplasmic
  8. chaperones [1,2]. These proteins are  structurally  and  possibly evolutionary
  9. related to the immunoglobulin family.  Known members of this family are listed
  10. below:
  11.  
  12.  - Escherichia coli papD for P pili.
  13.  - Escherichia coli f17-D for F17 pili.
  14.  - Escherichia coli faeE for K88 pili.
  15.  - Escherichia coli fanE for K99 pili.
  16.  - Escherichia coli fimC for type 1 fimbriae.
  17.  - Escherichia coli sfaE for S pili.
  18.  - Escherichia coli clpE for CS31A capsule-like antigen.
  19.  - Escherichia coli ecpD for a yet unknown pilin [3].
  20.  - Bordetella  pertussis  fhaD  (or  fimB)  for  filamentous hemagglutinin and
  21.    fimbria.
  22.  - Haemophilus influenzae hifB for type b pili.
  23.  - Klebsiella pneumoniae mrkB for type 3 pili.
  24.  - Salmonella enteritidis sefB for sefA.
  25.  - Yersinia enterocolitica myfB for myfA.
  26.  - Yersinia pestis caf1M for F1 capsule antigen.
  27.  - Yersinia pestis psaB for pH6 antigen.
  28.  - Escherichia coli hypothetical protein yehC.
  29.  
  30. Structurally,  these proteins  consist  of  two  globular  domains that have a
  31. topology identical  to  an immunoglobulin  fold.  As  a  signature pattern, we
  32. selected a highly conserved region located in  the C-terminal  section of  the
  33. first globular domain.
  34.  
  35. -Consensus pattern: [LIVMFY]-[APN]-x-[DN]-[KRE]-E-[STR]-[LIVMA]-x-[FYWT]-x-
  36.                     [NC]-[LIVM]-x(2)-[LIVM]-P-[PAS]
  37. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  38. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  39. -Last update: June 1994 / Pattern and text revised.
  40.  
  41. [ 1] Holmgren A., Kuehn M.J., Branden C.-I., Hultgren S.J.
  42.      EMBO J. 11:1617-1622(1992).
  43. [ 2] Jacob-Dubuisson F., Kuehn M.J., Hultgren S.J.
  44.      Trends Microbiol. 1:50-55(1993).
  45. [ 3] Raina S., Missiakas D., Baird L., Kumar S., Georgopoulos C.
  46.      J. Bacteriol. 175:5009-5021(1993).
  47.